Las luchas entre los distintos nomos acabaron por delimitar dos reinos: el Bajo Egipto, en el norte, cuyas principales ciudades estaban asentadas en el delta del Nilo, y el Alto Egipto, al sur del primero. Realmente, la cualidad más esencial para distinguir un territorio del otro eran las creencias: mientras que en el Bajo Egipto el culto a la tríada egipcia clásica (Isis, Osiris y Horus) estaba ya fuertemente asentada, en el Alto Egipto el dios más adorado era Set. Antes de continuar, es preciso indicar que la prosperidad del Imperio Egipcio se basó casi en exclusiva en la capacidad desarrollada por sus habitantes para aprovechar las crecidas del río Nilo en su beneficio económico; tal cuestión, por ejemplo, fue la que utilizó Arnold Toynbee para emitir su teoría de que las civilizaciones se basan en el binomio reto-respuesta. En este sentido, el reto de la civilización egipcia tuvo una respuesta tan satisfactoria que se extendió durante más de tres milenios

Dinastías tinitas pre-imperiales (3000-2270 a.C.)

El primer período se suele denominar en la historiografía como pre-imperial debido a que los dirigentes no fueron faraones de ambos reinos unificados hasta el final del marco cronológico. Sin embargo, las dinastías I y II, llamadas tinitas por proceder de la ciudad de Tinis (Alto Egipto), ostentaron la hegemonía en el gobierno durante más de setecientos años. Su monarca más representativo fue Menes, que se autotitulaba príncipe del Alto Egipto y que logró, hacia el 2200 a.C., unificar ambos reinos en su mano. Aunque las fuentes para este período son escasas, se suele atribuir también a Menes la fundación de la primera gran ciudad del Imperio: Menfis, sobre el delta del Nilo, así como la construcción de varios diques y empalizadas para el desarrollo de la actividad agrícola. Las tumbas de las dos primeras dinastías se encuentran en la necrópolis de Ábido, cuyos restos son prácticamente las únicas fuentes para el estudio de las dinastías tinitas, además de las inscripciones halladas en el primer gran templo menfita, dedicado al dios Ptah y construido por el propio Menes.

La organización política de las dinastías tinitas es, asimismo, poco conocida, aunque las hipótesis más actuales plantean que los diferentes nomos egipcios acabaron derivando en los reinos del Alto Egipto, cuyos faraones portaban la corona blanca, y del Bajo Egipto, representado por la corona roja. Por ello, quizá la aportación más importante para este período, al menos la que perduraría en el futuro, fue que: "los faraones egipcios reclamaron el status de dioses. A través de sus nombres de Horus [...] afirmaron ser la encarnación terrenal de esa divinidad". (Trigger et al., op. cit., p. 80). Cuando Menes logró ceñirse el pchent, la corona del Egipto unificado, el proceso de deificación de la autoridad faraónica había finalizado, pero no se dispone actualmente de ningún dato que nos ofrezca una secuencia cronológica fiable. Por último, la alianza entre la aristocracia dirigente y los sacerdotes de los distintos cultos comenzó a fundamentar el futuro estado imperial y centralista que gobernaría Egipto durante tres milenios.

El Imperio antiguo (2270-2200 a.C.)

En la división del Imperio por dinastías, el imperio antiguo abarca desde la III hasta la X. El rasgo principal fue el traslado de la capital desde Tinis a Menfis, inaugurando de esta forma el Egipto imperial. El dominio de la institución faraónica fue absoluto durante este período, que conoció a varios de los más grandes faraones imperiales. El primero de ello fue Zoser, de la III dinastía, que trasladó la frontera del imperio hasta los límites de Nubia (actual Etiopía) y que construyó su sepultura en la famosa necrópolis de Sakkarah. Con todo, los más conocidos faraones fueron Keops, Kefrén y Micerino (IV dinastía), que conquistaron la península del Sinaí y sometieron a toda Nubia a la obediencia del faraón. Como colofón, la construcción de las pirámides homónimas y la Esfinge, en la necrópolis de Gizeh, les encumbró hasta límites históricos insospechados.

El faraón Userkaf, de la V dinastía, unificó todos los cultos de Egipto e impuso el que habría de ser el principal de ellos: el dios Ra, la divinidad solar. Las megaconstrucciones de los faraones anteriores fueron obviadas en la V y la VI dinastía, pues sus monarcas prefirieron unas sepulturas más modestas pero importantísimas para el estudio de la historia de Egipto, ya que cada una de ellas se encuentra decorada con textos religiosos, literarios y filosóficos del Imperio, así como los acontecimientos más destacados. Casi todas ellas se encuentran en la necrópolis de Sakkarah. Hacia el año 2200 a.C., los príncipes de Heracleópolis consiguieron la hegemonía sobre el resto de las dinastías, y los miembros de la VII y VIII gobernaron con autoridad gracias a la decadencia interna de Menfis. Un poco más tarde, en el año 2170 a.C., la propia capital fue trasladada a la ciudad de origen de sus soberanos, durante las dinastías IX y X. El período se caracterizó por la inestabilidad interior y las constantes disputas por el trono.

El imperio medio (2160-1580 a.C.)

Este período también ha recibido el nombre de Imperio Tebano debido a que la capital y la ciudad más importante fue Tebas, y comprende a los faraones de las dinastías XI-XVII. El culto tebano clásico, el del dios Amón, se convirtió también en hegemónico en todo Egipto. Los faraones más notables fueron los de la XII dinastía, que crearon las bases sociales necesarias para extender la influencia egipcia a todo el mundo oriental. La ciudad de Tebas era un importantísimo emporio comercial dominado por capas sociales de grandes mercaderes y comerciantes, quienes prestaron todo su apoyo el gobierno de los faraones, tanto político como, y principalmente, económico. Así, el faraón Amenemhat I (2000-1970 a.C.) fue el primero en consolidar el nuevo culto tras la construcción del templo de Amón en Tebas. Otros faraones importantes fueron Senusret I (1970-1936 a.C.), Senusret III (1887-1850) y Amenemhat III (1850-1800 a.C.), de los cuales ya hablaba Heródoto de Halicarnaso como los gobernantes de un imperio floreciente que se extendía desde el delta del Nilo hasta Nubia.

Tras la muerte de Amenemhat III, el poder absoluto de los faraones tebanos se debilitó progresivamente, facilitando la entrada de los reyes hicsos, gobernantes que regían ciertas tribus de pastores del sur de Egipto. La invasión de los hicsos estuvo acompañada también de grandes contingentes de población asiria y semita, atraídos por la riqueza y el esplendor tebano. Los hicsos establecieron su capital en Avaris (posteriormente llamada Tanis) y gobernaban en nombre de los faraones, dos en este caso, pues la caída de la hegemonía de Tebas volvió a dividir el imperio en Alto y en Bajo. La población egipcia miraba con resquemor la intervención en el gobierno de los invasores, con lo que, bajo la XVII dinastía, comenzó la expulsión de los hicsos y demás extranjeros.