El 4 de mayo de 1809 se celebran en Puerto Rico las primeras elecciones de su historia para escoger un diputado que representara a la Isla en la Junta de Gobierno del Reino. Saldrá electo Ramón Power y Giralt quien en 1812 llegará a ser primer vicepresidente de las Cortes de Cádiz. En esta época las tendencias políticas en la Isla, que no partidos ya que éstos no se formaron hasta la decada del 70, eran el liberalismo que promovía para la Isla un gobierno propio con las mismas prerrogativas políticas y económicas que cualquier provincia española y por ende ser una de ellas, el conservadurismo que defendía el status de administración colonial de siempre con los destinos regidos totalmente desde la Madre Patria y el separatismo que, siguiendo el ejemplo dado por otras colonias hispanoamericanas, buscaba la ruptura toltal con la metrópoli.

Estas tres tendencias, con variados matices, continuarán a lo largo del siglo organizándose en partidos políticos en 1870, primero el Liberal Reformista el 20 de noviembre y 5 días después el Liberal Conservador. Obviamente los separatistas no lo podían hacer legalmente. Los aires políticos en la península dictarán nuestras mayores o menores libertades políticas y reformas económicas de signo positivo o negativo. En 1876 el partido Liberal Reformista cambia su nombre al de Federal Reformista y en 1887 al de Partido Autonomista Puertorriqueño. En 1880 el Liberal Conservador pasa a llamarse Partido Español Sin Condiciones o Incondicional Español surgiendo de éste, en 1898, el Partido Oportunista que liderado, entre otros, por Angel Rivero intentaba ponerse a la altura de los tiempos que se vivían. El Separatismo, en la ilegalidad, vivirá frustrado ante el continuo fracaso de los intentos de revolución siendo el más importante de estos el llamado "Grito de Lares" el 23 de septiembre de 1868.

Desde 1809 hasta 1836 predomina en las elecciones la tendencia liberal y sus candidatos representarán a la Isla en las cortes españolas. Desde 1837 hasta 1869 las provincias de ultramar se regirán por un régimen especial sin representación en Cortes. En 1869 vuelven las elecciones para represantantes a Cortes y entre ese año y el de 1873 se dividirán los cargos entre liberales y conservadores. A partir de 1876 y hasta 1896 serán los conservadores los que, la mayoría de las veces de forma no muy "limpia", dominen la elecciones.

Después de más de 70 años de sinsabores y frustraciones en Puerto Rico por unas aspiraciones políticas que parecía que nunca se alcanzarían, el 25 de noviembre de 1897 la Reina Regente María Cristina firma el decreto que concede a Puerto Rico un régimen autonómico. Con este decreto el Presidente del Gobierno español, Práxedes Mateo Sagasta, cumple su parte del pacto que había realizado a fines de 1896 con Luis Muñoz Rivera, José Gómez Brioso y Rosendo Matienzo Cintrón, representantes de Partido Autonomista Puertorriqueño, de otorgar tan ansiada aspiración política a la Isla a cambio del apoyo de ese partido al Liberal Fusionista Español de quien Sagasta era líder (otros opinarán que la concesión de la autonomía se debe más a la presión que la guerra de Cuba y a la del Gobierno americano que a las estrategias políticas).

El pacto entre Sagasta y el Partido Autonomista hace que éste cambie en febrero de 1897 su nombre al de Partido Liberal Fusionista Puertorriqueño pero los miembros del antiguo partido, encabezados por Celso Barbosa, que querían pactar con el Republicano de Salmerón y no con Sagasta, se separan en marzo de ese mismo año y forman el Partido Autonomista Histórico u Ortodoxo.

Concedida la autonomía, el gobernador Manuel Macías, que había llegado a Puerto Rico en febrero de 1898 como sustituto del general Andrés González Muñoz (encargado originalmente de implantar la Carta Autonómica pero que muere la tarde del día que jura su cargo, el 11 de enero de 1898), presiona a ambos partidos, liberal y ortodoxo, para que juntos formen un gabinete provisional. La tarea no fue fácil, por los múltiples desacuerdos en cuanto nombres y cargos, pero al final se logra completar un gabinete al que llamarían provisional.

A las 9 de la mañana del 12 de febrero de 1898 juran ante el gobernador Macías los miembros del gabinete autonómico provisional Francisco Mariano Quiñones -ortodoxo- (Presidente), Luis Muñoz Rivera -liberal- (Secretario de Gobernación y Justicia), Manuel Fernández Juncos -ortodoxo- (Secretario de Hacienda), Juan Hernández López -liberal- (Secretario de lo Interior), Manuel F. Rossy -ortodoxo- (Secretario de Instrucción Pública) y José Severo Quiñones -liberal- (Secretario de Agricultura, Comercio e Industria). Los subsecretarios serán Julián E. Blanco Sosa -ortodoxo- (Presidencia), José De Diego Martínez -liberal- (Gracia, Justicia y Gobernación), Luis Sánchez Morales -ortodoxo- (Hacienda), José Celso Barbosa -ortodoxo- (Instrucción Pública), Cayetano Coll y Toste -liberal- (Agricultura, Industria y Comercio) y Felix Matos Bernier -liberal- (Obras Públicas y Comunicaciones). Con este nuevo tipo de gobierno desaparecen las antiguas instituciones coloniales.

Este primer Consejo de Secretarios o gabinete provisional funcionaría en lo que se llevaban a cabo las elecciones para Representantes Insulares el 27 de marzo de 1898. En estas elecciones, en las que participan 121,573 votantes, los autonomistas reciben el 80 % de los votos. Debido a la guerra con los Estados Unidos, la Camara de Representantes y el Consejo de Administración no se inaguran hasta el 17 de julio de 1898 tomando posesión el segundo Consejo de Secretarios o Secretarios electos el 22 de julio. Este segundo Consejo de Secretarios, con menos cargos que el anterior, estaba formado por: Luis Muñoz Rivera -liberal- (Presidencia y Gobernación), Juan Hernández López -liberal- (Gracia y Justicia), Julián E. Blanco -ortodoxo- (Hacienda) y Salvador Carbonell -liberal- (Fomento), siendo subsecretarios: José De Diego -liberal- (Presidencia y Gobernación), Francisco Acosta -liberal- (Gracia y Justicia), Nicolás Daubón -ortodoxo- (Hacienda) y Tulio Larrinaga -liberal- (Fomento). Por el poco tiempo de gobierno"real" que tuvo este segundo gabinete el que más se recuerda en los libros es el primero o provisional.

La entrada de los americanos a la Isla acabó con este "sueño de una noche de verano" y a partir de entonces los partidos liberal y ortodoxo fueron transformándose ideológicamente hasta llegar hoy día a lo que conocemos como Partido Popular Democrático que defiende la autonomía con los Estados Unidos y el Partido Nuevo Progresista que propulsa que la Isla sea un estado de esa nación. Los herederos de los separatistas de entonces, con alguna aportación del autonomismo tradicional, se ubican actualmente en el Partido Independentista Puertorriqueño.