Nació en la isla de Samos. Por consejo de Tales de Mileto estudió en Egipto. Cuando retornó a Samos fundó una sociedad religiosa y filosófica. Por razones políticas Pitagoras se trasladó a Crotona en el sur de Italia.
En Crotona vivía Milón, un hombre rico y muy famoso, porque había sido el campeón de los juegos olímpicos en doce ocasiones. Milón estaba interesado en la filosofía y matemáticas, y cedió parte de su casa a Pitagoras, para que crease su propia escuela.
La sociedad que fundó (Hermandad Pitagórica) tenía un credo muy estricto y un rígido código de conducta, pero era igualitaria e incluía varias mujeres. Una de ellas era Teano, la hija de Milón. Pitagoras se casó con Teano.
Superado un periodo de prueba, se permitía a los nuevos iniciados en la secta oír la voz del Maestro, oculto tras una cortina. Años después, más profundamente purificadas sus almas por la regla pitagórica, se les permitiría ver a Pitagoras.
La Hermanda Pitagórica era una comunidad religiosa y uno de los ídolos que veneraban era el Número. Los pitagóricos creían que, merced a las matemáticas, el alma podría ascender a través de las esferas hasta unirse finalmente a Dios.
La perfección numérica, para los pitagóricos, dependía de los divisores del número (ver Números perfectos.
La muerte de Pitagoras fue debida a una revuelta popular, debido a que el pueblo de Crotona pensaba que las tierras conquistadas por una guerra con un pueblo vecino, se iban a entregar a los pitagoricos. Los amotinados, rodearon la casa de Milón, taparon las salidas y le prendieron fuego. Pitagoras y muchos de sus discípulos murieron. Los supervivientes huyeron y esto sirvió para divulgar sus conocimientos.